METASPACE-ML: Context-specific metabolite annotation for imaging mass spectrometry using machine learning
Rattachement africain : de, dk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Imaging mass spectrometry is a powerful technology enabling spatial metabolomics, yet metabolites can be assigned only to a fraction of the data generated. METASPACE-ML is a machine learning-based approach addressing this challenge which incorporates new scores and computationally-efficient False Discovery Rate estimation. For training and evaluation, we use a comprehensive set of 1,710 datasets from 159 researchers from 47 labs encompassing both animal and plant-based datasets representing multiple spatial metabolomics contexts derived from the METASPACE knowledge base. Here we show that, METASPACE-ML outperforms its rule-based predecessor, exhibiting higher precision, increased throughput, and enhanced capability in identifying low-intensity and biologically-relevant metabolites.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- METASPACE-ML: Context-specific metabolite annotation for imaging mass spectrometry using machine learning
- Date Crossref
- 31/05/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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European Molecular Biology Laboratory Structural and Computational Biology Unit pays non établi dans la noticeOrganisme public
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European Molecular Biology Organization pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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BioInnovation Institute BioStudio pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Totus Medicines pays non établi dans la noticeInstitution
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Metabolomics Core Facility pays non établi dans la noticeInstitution
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Molecular Medicine Partnership Unit pays non établi dans la noticeInstitution
Heidelberg University, Structural and Computational Biology Unit — European Molecular Biology Laboratory et European Molecular Biology Organization, avec 4 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.