Design and validation of Dolosigranulum pigrum specific PCR primers using the bacterial core genome
Rattachement africain : us, dk, de. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Dolosigranulum pigrum—a lactic acid bacterium that is increasingly recognized as an important member of the nasal microbiome. Currently, there are limited rapid and low-cost options for confirming D. pigrum isolates and detecting D. pigrum in clinical specimens. Here we describe the design and validation of a novel PCR assay targeting D. pigrum that is both sensitive and specific. We designed a PCR assay targeting murJ, a single-copy core species gene identified through the analysis of 21 D. pigrum whole genome sequences. The assay achieved 100% sensitivity and 100% specificity against D. pigrum and diverse bacterial isolates and an overall 91.1% sensitivity and 100% specificity using nasal swabs, detecting D. pigrum at a threshold of 1.0 × 104D. pigrum 16S rRNA gene copies per swab. This assay adds a reliable and rapid D. pigrum detection tool to the microbiome researcher toolkit investigating the role of generalist and specialist bacteria in the nasal environment.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Design and validation of Dolosigranulum pigrum specific PCR primers using the bacterial core genome
- Date Crossref
- 14/04/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Milken Institute Department of Environmental and Occupational Health pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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George Washington University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Statens Serum Institut Department of Bacteria pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Friedrich-Loeffler-Institut pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University Hospital Münster Institute of Medical Microbiology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University Medicine Greifswald Friedrich Loeffler-Institute of Medical Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Environmental and Occupational Health — Milken Institute, George Washington University et Department of Bacteria — Statens Serum Institut, avec 3 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.