Benchmarking robust spatial transcriptomics approaches to capture the molecular landscape and pathological architecture of archived cancer tissues
Rattachement africain : au, in. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abtracts Applying spatial transcriptomics (ST) to explore a vast amount of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) archival cancer tissues has been highly challenging due to several critical technical issues. In this work, we optimised ST protocols to generate unprecedented spatial gene expression data for FFPE skin cancer. Skin is among the most challenging tissue types for ST due to its fibrous structure and a high risk of RNAse contamination. We evaluated tissues collected from ten years to two years ago, spanning a range of tissue qualities and complexity. Technical replicates and multiple patient samples were assessed. Further, we integrated gene expression profiles with pathological information, revealing a new layer of molecular information. Such integration is powerful in cancer research and clinical applications. The data allowed us to detect the spatial expression of non-coding RNAs. Together, this work provides important technical perspectives to enable the applications of ST on archived cancer tissues.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Benchmarking robust spatial transcriptomics approaches to capture the molecular landscape and pathological architecture of archived cancer tissues
- Date Crossref
- 13/02/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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The University of Queensland The Institute for Molecular Bioscience pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Indian Institute of Technology Delhi pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Queensland - IIT Delhi Academy of Research (UQIDAR) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Biomedical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
The Institute for Molecular Bioscience — The University of Queensland, Indian Institute of Technology Delhi et University of Queensland - IIT Delhi Academy of Research (UQIDAR), avec 1 autre affiliation.
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