Local-Scale phylodynamics reveal differential community impact of SARS-CoV-2 in metropolitan US county
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Le résumé fourni par la source
SARS-CoV-2 transmission is largely driven by heterogeneous dynamics at a local scale, leaving local health departments to design interventions with limited information. We analyzed SARS-CoV-2 genomes sampled between February 2020 and March 2022 jointly with epidemiological and cell phone mobility data to investigate fine scale spatiotemporal SARS-CoV-2 transmission dynamics in King County, Washington, a diverse, metropolitan US county. We applied an approximate structured coalescent approach to model transmission within and between North King County and South King County alongside the rate of outside introductions into the county. Our phylodynamic analyses reveal that following stay-at-home orders, the epidemic trajectories of North and South King County began to diverge. We find that South King County consistently had more reported and estimated cases, COVID-19 hospitalizations, and longer persistence of local viral transmission when compared to North King County, where viral importations from outside drove a larger proportion of new cases. Using mobility and demographic data, we also find that South King County experienced a more modest and less sustained reduction in mobility following stay-at-home orders than North King County, while also bearing more socioeconomic inequities that might contribute to a disproportionate burden of SARS-CoV-2 transmission. Overall, our findings suggest a role for local-scale phylodynamics in understanding the heterogeneous transmission landscape.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Local-Scale phylodynamics reveal differential community impact of SARS-CoV-2 in metropolitan US county
- Date Crossref
- 16/12/2022
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Washington Department of Epidemiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fred Hutch Cancer Center pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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National Institutes of Health Fogarty International Center pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Brotman Baty Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Fogarty International Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Washington State Department of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Pennsylvania pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Howard Hughes Medical Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Vaccine and Infectious Disease Division pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Epidemiology — University of Washington, Fred Hutch Cancer Center et Fogarty International Center — National Institutes of Health, avec 6 autres affiliations.
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