STOmics-GenX: CRISPR based approach to improve cell identity specific gene detection from spatially resolved transcriptomics
Rattachement africain : au, us, sg. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
ABSTRACT The spatial organisation of cells defines the biological functions of tissue ecosystems from development to disease. Recently, an array of technologies have been developed to query gene expression in a spatial context. These include techniques such as employing barcoded oligonucleotides, single-molecule fluorescence in situ hybridization (smFISH), and DNA nanoball (DNB)-patterned arrays. However, resolution and efficiency vary across platforms and technologies. To obtain spatially relevant biological information from spatially resolved transcriptomics, we combined the Stereo-seq workflow with CRISPRclean technology to develop the STOmics-GenX pipeline. STOmics-GenX not only allowed us to reduce genomic, mitochondrial, and ribosomal reads, but also lead to a ∼2.1-fold increase in the number of detected genes when compared to conventional Stereo-seq (STOmics). Additionally, the STOmics-GenX pipeline resulted in an improved detection of cell type specific genes, thereby improving cellular annotations. Most importantly, STOmics-GenX allowed for enhanced detection of clinically relevant biomarkers such as Alpha-fetoprotein (AFP), enabling the identification of two spatially distinct subsets of hepatocytes in hepatocellular carcinoma tissue. Thereby, combining CRISPRclean technology with STOmics not only allowed improved gene detection but also paved the way for spatial precision oncology by improved detection of clinically relevant biomarkers.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- STOmics-GenX: CRISPR based approach to improve cell identity specific gene detection from spatially resolved transcriptomics
- Date Crossref
- 08/12/2022
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Curtin University Curtin Health Innovation Research Institute (CHIRI) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Harry Perkins Institute of Medical Research pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Queen Elizabeth II Medical Centre pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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The University of Sydney pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Westmead Hospital Westmead Institute for Medical Research pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Westmead Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Westmead Institute for Medical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre for Cancer Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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The University of Adelaide ACE – Adelaide Centre for Epigenetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Pathway Genomics (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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St. Jude Children's Research Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Agency for Science pays non établi dans la noticeOrganisme public
Curtin Health Innovation Research Institute (CHIRI) — Curtin University, Harry Perkins Institute of Medical Research et Queen Elizabeth II Medical Centre, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.