Detection of new candidate genes controlling seed weight by integrating gene coexpression analysis and QTL mapping in Brassica napus L.
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Le résumé fourni par la source
Seed weight is a component of seed yield in rapeseed (Brassica napus L.). Although quantitative trait loci (QTL) for seed weight have been reported in rapeseed, only a few causal quantitative trait genes (QTGs) have been identified, resulting in a limitation in understanding of seed weight regulation. We constructed a gene coexpression network at the early seed developmental stage using transcripts of 20,408 genes in QTL intervals and 1017 rapeseed homologs of known genes from other species. Among the 10 modules in this gene coexpression network, modules 1 and 2 were core modules and contained genes involved in source–flow–sink processes such as synthesis and transportation of fatty acid and protein, and photosynthesis. A hub gene SERINE CARBOXYPEPTIDASE-LIKE 19 (SCPL19) was identified by candidate gene association analysis in rapeseed and functionally investigated using Arabidopsis T-DNA mutant and overexpression lines. Our study demonstrates the power of gene coexpression analysis to prioritize candidate genes from large candidate QTG sets and enhances the understanding of molecular mechanism for seed weight at the early developmental stage in rapeseed.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Detection of new candidate genes controlling seed weight by integrating gene coexpression analysis and QTL mapping in Brassica napus L.
- Date Crossref
- 01/06/2023
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Southwest University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Nanjing Drum Tower Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Christian-Albrechts-Universität zu Kiel pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Agronomy and Biotechnology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The Affiliated Drum Tower Hospital of Nanjing University Medical School Department of Hepatobiliary Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Christian Albrechts University of Kiel Plant Breeding Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Engineering Research Center of South Upland Agriculture pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Southwest University, Nanjing Drum Tower Hospital et Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, avec 4 autres affiliations.
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