A georeferenced rRNA amplicon database of aquatic microbiomes from South America
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Le résumé fourni par la source
The biogeography of bacterial communities is a key topic in Microbial Ecology. Regarding continental water, most studies are carried out in the northern hemisphere, leaving a gap on microorganism's diversity patterns on a global scale. South America harbours approximately one third of the world's total freshwater resources, and is one of these understudied regions. To fill this gap, we compiled 16S rRNA amplicon sequencing data of microbial communities across South America continental water ecosystems, presenting the first database µSudAqua[db]. The database contains over 866 georeferenced samples from 9 different ecoregions with contextual environmental information. For its integration and validation we constructed a curated database (µSudAqua[db.sp]) using samples sequenced by Illumina MiSeq platform with commonly used prokaryote universal primers. This comprised ~60% of the total georeferenced samples of the µSudAqua[db]. This compilation was carried out in the scope of the µSudAqua collaborative network and represents one of the most complete databases of continental water microbial communities from South America.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A georeferenced rRNA amplicon database of aquatic microbiomes from South America
- Date Crossref
- 13/09/2022
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas pays non établi dans la noticeOrganisme public
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National University of General San Martín pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Station Biologique de Roscoff pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Sorbonne Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Adaptation et Diversité en Milieu Marin pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Instituto Tecnológico de Chascomús Laboratorio de Ecología Acuática pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Universidade Federal de São Carlos Laboratory of Microbial Processes & Biodiversity pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Instituto Nacional de Limnología pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université du Québec à Montréal pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidad de Buenos Aires pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fundación Ciencias Exactas y Naturales pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
Centre National de la Recherche Scientifique, Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas et National University of General San Martín, avec 9 autres affiliations.
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