Chromosome-Scale Genome Assembly of the Hexaploid Taiwanese Goosefoot “Djulis” ( Chenopodium formosanum )
Rattachement africain : us, es, cz, tw. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Djulis (Chenopodium formosanum Koidz.) is a crop grown since antiquity in Taiwan. It is a BCD-genome hexaploid (2n = 6x = 54) domesticated form of lambsquarters (C. album L.) and a relative of the allotetraploid (AABB) C. quinoa. As with quinoa, djulis seed contains a complete protein profile and many nutritionally important vitamins and minerals. While still sold locally in Taiwanese markets, its traditional culinary uses are being lost as diets of younger generations change. Moreover, indigenous Taiwanese peoples who have long safeguarded djulis are losing their traditional farmlands. We used PacBio sequencing and Hi-C-based scaffolding to produce a chromosome-scale, reference-quality assembly of djulis. The final genome assembly spans 1.63 Gb in 798 scaffolds, with 97.8% of the sequence contained in 27 scaffolds representing the nine haploid chromosomes of each sub-genome of the species. Benchmarking of universal, single-copy orthologs indicated that 98.5% of the conserved orthologous genes for Viridiplantae are complete within the assembled genome, with 92.9% duplicated, as expected for a polyploid. A total of 67.8% of the assembly is repetitive, with the most common repeat being Gypsy long terminal repeat retrotransposons, which had significantly expanded in the B sub-genome. Gene annotation using Iso-Seq data from multiple tissues identified 75,056 putative gene models. Comparisons to quinoa showed strong patterns of synteny which allowed for the identification of homoeologous chromosomes, and sub-genome-specific sequences were used to assign homoeologs to each sub-genome. These results represent the first hexaploid genome assembly and the first assemblies of the C and D genomes of the Chenopodioideae subfamily.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Chromosome-Scale Genome Assembly of the Hexaploid Taiwanese Goosefoot “Djulis” ( <i>Chenopodium formosanum</i> )
- Date Crossref
- 26/07/2022
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Brigham Young University Department of Plant and Wildlife Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Nebraska at Omaha pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidad de Granada pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Czech University of Life Sciences Prague Department of Ecology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Taiwan University Department of Agronomy pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Pingtung University of Science and Technology Department of Plant Industry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Nebraska Omaha Department of Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Departamento de Genética pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Crop Improvement pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Plant and Wildlife Sciences — Brigham Young University, University of Nebraska at Omaha et Universidad de Granada, avec 6 autres affiliations.
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