Genetic Variations of the DPYD Gene and Its Relationship with Ancestry Proportions in Different Ecuadorian Trihybrid Populations
Rattachement africain : ec, es, br. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Dihydropyrimidine dehydrogenase is one of the main pharmacological metabolizers of fluoropyrimidines, a group of drugs widely used in clinical oncology. Around 20 to 30% of patients treated with fluoropyrimidines experience severe toxicity caused by a partial or total decrease in enzymatic activity. This decrease is due to molecular variants in the DPYD gene. Their prevalence and allelic frequencies vary considerably worldwide, so their description in heterogeneous groups such as the Ecuadorian population will allow for the description of pharmacogenetic variants and proper characterization of this population. Thus, we genotyped all the molecular variants with a predictive value for DPYD in a total of 410 Ecuadorian individuals belonging to Mestizo, Afro-Ecuadorian, and Indigenous ethnic groups. Moreover, we developed a genetic ancestry analysis using 46 autosomal ancestry informative markers. We determined 20 genetic variations in 5 amplified regions, including 3 novel single nucleotide variants. The allele frequencies for DPYD variants c.1627G>A (*5, rs1801159), c.1129-15T>C (rs56293913), c.1218G>A (rs61622928), rs1337752, rs141050810, rs2786783, rs2811178, and g.97450142G>A (chr1, GRCh38.p13) are significantly related to Native American and African ancestry proportions. In addition, the FST calculated from these variants demonstrates the closeness between Indigenous and Mestizo populations, and evidences genetic divergence between Afro-Ecuadorian groups when compared with Mestizo and Indigenous ethnic groups. In conclusion, the genetic variability in the DPYD gene is related to the genetic component of ancestral populations in different Ecuadorian ethnic groups. The absence and low frequency of variants with predictive value for fluoropyrimidine toxicity such as DPYD *2A, HapB3, and c.2846A>T (prevalent in populations with European ancestry) is consistent with the genetic background found.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Genetic Variations of the DPYD Gene and Its Relationship with Ancestry Proportions in Different Ecuadorian Trihybrid Populations
- Date Crossref
- 10/06/2022
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Universidad de Las Américas pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Vall d'Hebron Institut de Recerca pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Vall d'Hebron Hospital Universitari pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Universidade do Estado do Rio de Janeiro Laboratório de Diagnóstico por DNA (LDD) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hospital de Especialidades Eugenio Espejo Subproceso de Anatomía Patológica pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Universidad Internacional SEK pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Facultad de Ingeniería y Ciencias Aplicadas pays non établi dans la noticeInstitution
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Laboratorios de Investigación pays non établi dans la noticeInstitution
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Vall d’Hebron Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Escuela de Medicina pays non établi dans la noticeInstitution
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Latin American Network for the Implementation and Validation of Clinical Pharmacogenomics Guidelines (RELIVAF-CYTED) pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Programa de Investigación en Salud Global pays non établi dans la noticeInstitution
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