Accès ouvert déclaré 2022 preprint

Mapping the emergence of SARS-CoV-2 Omicron variants on a university campus

Ana A. Weil, Kyle G Luiten, Amanda M. Casto, Julia Catherine Bennett, Jessica O’Hanlon, Peter D. Han, Luis Fernando Gamboa, Evan McDermot, Melissa Truong, Geoffrey S. Gottlieb, Zack Acker, Caitlin R. Wolf, Ariana Magedson, Eric J. Chow, Natalie K. Lo, Lincoln C. Pothan, Devon McDonald, Tessa Wright, Kathryn M. McCaffrey, Marlin D Figgins, Janet A. Englund, Michael Boeckh, Christina M. Lockwood, Deborah A. Nickerson, Jay Shendure, Trevor Bedford, James P. Hughes, Lea M. Starita, Helen Y. Chu

2Citations signalées, ce qui n’est pas une note de qualité

7Institutions déclarées

1Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Abstract Novel variants continue to emerge in the SARS-CoV-2 pandemic. University testing programs may provide timely epidemiologic and genomic surveillance data to inform public health responses. We conducted testing from September 2021 to February 2022 in a university population under vaccination and indoor mask mandates. A total of 3,048 of 24,393 individuals tested positive for SARS-CoV-2 by RT-PCR; whole genome sequencing identified 209 Delta and 1,730 Omicron genomes of the 1,939 total sequenced. Compared to Delta, Omicron had a shorter median serial interval between genetically identical, symptomatic infections within households (2 versus 6 days, P=0.021). Omicron also demonstrated a greater peak reproductive number (2.4 versus 1.8) and a 1.07 (95% confidence interval: 0.58, 1.57; P<0.0001) higher mean cycle threshold value. Despite near universal vaccination and stringent mitigation measures, Omicron rapidly displaced the Delta variant to become the predominant viral strain and led to a surge in cases in a university population.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Mapping the emergence of SARS-CoV-2 Omicron variants on a university campus
Date Crossref: 28/04/2022
Éditeur: openRxiv
Type: posted-content

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

University of Washington Department of Medicine pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Fred Hutch Cancer Center pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Cancer Research Center Vaccine and Infectious Diseases Division pays non établi dans la notice
Organisation à but non lucratif
Brotman Baty Institute pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Seattle Children's Hospital pays non établi dans la notice
Établissement de santé
Seattle Children's Research Institute pays non établi dans la notice
Établissement de santé
Howard Hughes Medical Institute pays non établi dans la notice
Structure de recherche

Department of Medicine — University of Washington, Fred Hutch Cancer Center et Vaccine and Infectious Diseases Division — Cancer Research Center, avec 4 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

Les sujets associés

SARS-CoV-2 and COVID-19 ResearchSARS-CoV-2 detection and testingCRISPR and Genetic Engineering

Lire en accès ouvert Consulter la publication primaire Ouvrir le DOI