Design and Delivery of SINEUP: A New Modular Tool to Increase Protein Translation
Rattachement africain : it. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
SINEUP is a new class of long non-coding RNAs (lncRNAs) which contain an inverted Short Interspersed Nuclear Element (SINE) B2 element (invSINEB2) necessary to specifically upregulate target gene translation. Originally identified in the mouse AS-Uchl1 (antisense Ubiquitin carboxyl-terminal esterase L1) locus, natural SINEUP molecules are oriented head to head to their sense protein coding, target gene (Uchl1, in this example). Peculiarly, SINEUP is able to augment, in a specific and controlled way, the expression of the target protein, with no alteration of target mRNA levels. SINEUP is characterized by a modular structure with the Binding Domain (BD) providing specificity to the target transcript and an effector domain (ED)-containing the invSINEB2 element-able to promote the loading to the heavy polysomes of the target mRNA. Since the understanding of its modular structure in the endogenous AS-Uchl1 ncRNA, synthetic SINEUP molecules have been developed by creating a specific BD for the gene of interest and placing it upstream the invSINEB2 ED. Synthetic SINEUP is thus a novel molecular tool that potentially may be used for any industrial or biomedical application to enhance protein production, also as possible therapeutic strategy in haploinsufficiency-driven disorders.Here, we describe a detailed protocol to (1) design a specific BD directed to a gene of interest and (2) assemble and clone it with the ED to obtain a functional SINEUP molecule. Then, we provide guidelines to efficiently deliver SINEUP into mammalian cells and evaluate its ability to effectively upregulate target protein translation.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Design and Delivery of SINEUP: A New Modular Tool to Increase Protein Translation
- Date Crossref
- 01/01/2022
- Éditeur
- Springer US
- Type
- book-chapter
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Où se fait cette recherche
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University of Trento Neuroepigenetics Laboratory pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Italian Institute of Technology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Eurac Research pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Institute for Biomedicine pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Central RNA Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Area of Neuroscience pays non établi dans la noticeInstitution
Neuroepigenetics Laboratory — University of Trento, Italian Institute of Technology et Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati, avec 4 autres affiliations.
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