Machine Learning of Single Cell Transcriptomic Data From anti-PD-1 Responders and Non-responders Reveals Distinct Resistance Mechanisms in Skin Cancers and PDAC
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Le résumé fourni par la source
Immune checkpoint therapies such as PD-1 blockade have vastly improved the treatment of numerous cancers, including basal cell carcinoma (BCC). However, patients afflicted with pancreatic ductal carcinoma (PDAC), one of the deadliest malignancies, overwhelmingly exhibit negative responses to checkpoint therapy. We sought to combine data analysis and machine learning to differentiate the putative mechanisms of BCC and PDAC non-response. We discover that increased MHC-I expression in malignant cells and suppression of MHC and PD-1/PD-L expression in CD8+ T cells is associated with nonresponse to treatment. Furthermore, we leverage machine learning to predict response to PD-1 blockade on a cellular level. We confirm divergent resistance mechanisms between BCC, PDAC, and melanoma and highlight the potential for rapid and affordable testing of gene expression in BCC patients to accurately predict response to checkpoint therapies. Our findings present an optimistic outlook for the use of quantitative cross-cancer analyses in characterizing immune responses and predicting immunotherapy outcomes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Machine Learning of Single Cell Transcriptomic Data From anti-PD-1 Responders and Non-responders Reveals Distinct Resistance Mechanisms in Skin Cancers and PDAC
- Date Crossref
- 01/02/2022
- Éditeur
- Frontiers Media SA
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of California Department of Mathematics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Simons Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Department of Mathematics pays non établi dans la noticeInstitution
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Center for Complex Biological Systems pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Developmental and Cell Biology pays non établi dans la noticeInstitution
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NSF-Simons Center for Multiscale Cell Fate Research pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Mathematics — University of California, Simons Foundation et Department of Mathematics, avec 3 autres affiliations.
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