SkewC: Identifying cells with skewed gene body coverage in single-cell RNA sequencing data
Rattachement africain : jp, fi, se. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The analysis and interpretation of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) experiments are compromised by the presence of poor-quality cells. For meaningful analyses, such poor-quality cells should be excluded as they introduce noise in the data. We introduce SkewC, a quality-assessment tool, to identify skewed cells in scRNA-seq experiments. The tool's methodology is based on the assessment of gene coverage for each cell, and its skewness as a quality measure; the gene body coverage is a unique characteristic for each protocol, and different protocols yield highly different coverage profiles. This tool is designed to avoid misclustering or false clusters by identifying, isolating, and removing cells with skewed gene body coverage profiles. SkewC is capable of processing any type of scRNA-seq dataset, regardless of the protocol. We envision SkewC as a distinctive QC method to be incorporated into scRNA-seq QC processing to preclude the possibility of scRNA-seq data misinterpretation.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- SkewC: Identifying cells with skewed gene body coverage in single-cell RNA sequencing data
- Date Crossref
- 01/02/2022
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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RIKEN Center for Integrative Medical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Helsinki Stem Cells and Metabolism Research Program pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Karolinska Institutet Department of Biosciences and Nutrition pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Folkhälsans Forskningscentrum pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Protein Research Foundation pays non établi dans la noticeInstitution
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The University of Osaka pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Laboratory for Large-Scale Biomedical Data Technology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratory for Cellular Function Conversion Technology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Folkhälsan Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Osaka University Institute for Protein Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Stem Cells and Metabolism Research Program — University of Helsinki et Department of Biosciences and Nutrition — Karolinska Institutet, avec 7 autres affiliations.
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