Regional sequencing collaboration reveals persistence of the T12 Vibrio cholerae O1 lineage in West Africa
Rattachement africain : Nigéria, Cameroun, Niger, fr, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Background: Despite recent insights into cholera transmission patterns in Africa, regional and local dynamics in West Africa—where cholera outbreaks occur every few years—are still poorly understood. Coordinated genomic surveillance of Vibrio cholerae in the areas most affected may reveal transmission patterns important for cholera control. Methods: During a regional sequencing workshop in Nigeria, we sequenced 46 recent V. cholerae isolates from Cameroon, Niger, and Nigeria (37 from 2018 to 2019) to better understand the relationship between the V. cholerae bacterium circulating in these three countries. Results: From these isolates, we generated 44 whole Vibrio cholerae O1 sequences and analyzed them in the context of 1280 published V. cholerae O1 genomes. All sequences belonged to the T12 V. cholerae seventh pandemic lineage. Conclusions: Phylogenetic analysis of newly generated and previously published V. cholerae genomes suggested that the T12 lineage has been continuously transmitted within West Africa since it was first observed in the region in 2009, despite lack of reported cholera in the intervening years. The results from this regional sequencing effort provide a model for future regionally coordinated surveillance efforts. Funding: Funding for this project was provided by Bill and Melinda Gates Foundation OPP1195157.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Regional sequencing collaboration reveals persistence of the T12 Vibrio cholerae O1 lineage in West Africa
- Date Crossref
- 18/06/2021
- Éditeur
- eLife Sciences Publications, Ltd
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Nigeria Centre for Disease Control Abuja, Nigéria (code pays fourni par la source)Organisme public
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Centre Pasteur du Cameroun Yaoundé, Cameroun (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Centre de Recherche Médicale et Sanitaire Niamey, Niger (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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University of Ibadan University of Ibadan, Nigéria (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Epicentre pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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World Health Organization - Nigeria Abuja, Nigéria (code pays fourni par la source)Organisme public
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Johns Hopkins University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Public Health Laboratory Yaoundé, Cameroun (pays nommé en fin d’affiliation)Structure de recherche
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Faculty of Pharmacy Department of Pharmaceutical Microbiology University of Ibadan, Nigéria (pays nommé en fin d’affiliation)Université ou école supérieure
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Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health Department of Epidemiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Nigeria Centre for Disease Control (Abuja, Nigéria), Centre Pasteur du Cameroun (Yaoundé, Cameroun) et Centre de Recherche Médicale et Sanitaire (Niamey, Niger), avec 7 autres affiliations. Pays d’affiliation : Nigéria, Cameroun, Niger.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.