An integrated analysis of myeloid cells identifies gaps in in vitro models of in vivo biology
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Le résumé fourni par la source
Summary The Stemformatics myeloid atlas is an integrated transcriptome atlas of human macrophages and dendritic cells that systematically compares freshly isolated tissue-resident, cultured, and stem-cell derived myeloid cell types. We identified two broad classes of tissue-resident macrophages with lung, gut and tumour-associated macrophages most similar to monocytes. Microglia, Kupffer cells and synovial macrophages shared similar profiles with each other, and with cultured macrophages. Pluripotent stem cell-derived macrophages were not reminiscent of fetal-derived cells. Instead, they were characterized by atypical expression of collagen and a highly efferocytotic phenotype. Likewise, Flt3L-derived cord blood dendritic cells were distinct from conventional dendritic cell subsets isolated from primary tissues and lacked expression of key pattern recognition receptors. Myeloid subsets were reproducible across different experimental series, showing the resource is a robust reference for new data. External users can annotate and benchmark their own samples, including annotation of myeloid single cell data at www.stemformatics.org/atlas/myeloid/ .
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- An integrated analysis of myeloid cells identifies gaps in <i>in vitro</i> models of <i>in vivo</i> biology
- Date Crossref
- 31/07/2019
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation pays non établi dans la noticeOrganisme public
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The University of Melbourne Department of Anatomy and Neuroscience pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Australian Regenerative Medicine Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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CSIRO Manufacturing pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Monash University Australian Regenerative Medicine Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CSIRO Synthetic Biology Future Science Platform pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Medicine The Centre for Stem Cell Systems pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Mathematics and Statistics Melbourne Integrative Genomics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Glasgow pays non établi dans la noticeInstitution
Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Department of Anatomy and Neuroscience — The University of Melbourne et Australian Regenerative Medicine Institute, avec 6 autres affiliations.
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