Molecular characterisation and epidemiology of enterovirus-associated aseptic meningitis in the Western and Eastern Cape Provinces, South Africa 2018–2019
Rattachement africain : Afrique du Sud. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
BACKGROUND: Enteroviruses are amongst the most common causes of aseptic meningitis. Between November 2018 and May 2019, an outbreak of enterovirus-associated aseptic meningitis cases was noted in the Western and Eastern Cape Provinces, South Africa. OBJECTIVES: To describe the epidemiology and phylogeography of enterovirus infections during an aseptic meningitis outbreak in the Western and Eastern Cape Provinces of South Africa. METHODS: Cerebrospinal fluid samples from suspected cases were screened using a polymerase chain reaction targeting the 5'UTR. Confirmed enterovirus-associated meningitis samples underwent molecular typing through species-specific VP1/VP2 primers and pan-species VP1 primers. RESULTS: Between November 2018 and May 2019, 3497 suspected cases of aseptic meningitis were documented in the Western and Eastern Cape Provinces. Median age was 8 years (range 0-61), interquartile range (IQR=4-13 years), 405/735 (55%) male. 742/3497 (21%) cases were laboratory - confirmed enterovirus positive by routine diagnostic PCR targeting the 5'UTR. 128/742 (17%) underwent molecular typing by VP1 gene sequencing. Echovirus 4 (E4) was detected in 102/128 (80%) cases. Echovirus 9 was found in 7%, Coxsackievirus A13 in 3%. 10 genotypes contributed to the remaining 10% of cases. Synonymous mutations were found in most cases, with sporadic amino acid changes in 13 (12.7%) cases. CONCLUSION: The aseptic meningitis outbreak was associated with echovirus 4. Stool samples are valuable for molecular typing in CSF confirmed EV-associated aseptic meningitis.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Molecular characterisation and epidemiology of enterovirus-associated aseptic meningitis in the Western and Eastern Cape Provinces, South Africa 2018–2019
- Date Crossref
- 01/06/2021
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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National Health Laboratory Service Department of Pathology Stellenbosch, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Organisme public
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Stellenbosch University Stellenbosch University, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Right to Care Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Organisation à but non lucratif
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University of Pretoria University of Pretoria, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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University of Cape Town University of Cape Town, Afrique du Sud (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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PathCare Reference Laboratory Cape Town, Afrique du Sud (pays nommé en fin d’affiliation)Structure de recherche
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School of Health Systems and Public Health National Institute of Communicable Diseases of the National Health Laboratory Service Johannesburg, Afrique du Sud (pays nommé en fin d’affiliation)Université ou école supérieure
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Faculty of Health Sciences Department of Pathology University of Cape Town, Afrique du Sud (pays nommé en fin d’affiliation)Université ou école supérieure
Department of Pathology — National Health Laboratory Service (Stellenbosch, Afrique du Sud), Stellenbosch University (Stellenbosch University, Afrique du Sud) et Right to Care (Afrique du Sud), avec 5 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud.
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