PrimeDesign software for rapid and simplified design of prime editing guide RNAs
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Prime editing (PE) is a versatile genome editing technology, but design of the required guide RNAs is more complex than for standard CRISPR-based nucleases or base editors. Here we describe PrimeDesign, a user-friendly, end-to-end web application and command-line tool for the design of PE experiments. PrimeDesign can be used for single and combination editing applications, as well as genome-wide and saturation mutagenesis screens. Using PrimeDesign, we construct PrimeVar, a comprehensive and searchable database that includes candidate prime editing guide RNA (pegRNA) and nicking sgRNA (ngRNA) combinations for installing or correcting >68,500 pathogenic human genetic variants from the ClinVar database. Finally, we use PrimeDesign to design pegRNAs/ngRNAs to install a variety of human pathogenic variants in human cells.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- PrimeDesign software for rapid and simplified design of prime editing guide RNAs
- Date Crossref
- 15/02/2021
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Massachusetts General Hospital Center for Cancer Research and Center for Computational and Integrative Biology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Center for Cancer Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Massachusetts Institute of Technology Department of Biological Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Harvard University Department of Chemistry and Chemical Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Broad Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Howard Hughes Medical Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Department of Pathology pays non établi dans la noticeInstitution
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Merkin Institute of Transformative Technologies in Healthcare pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Center for Cancer Research and Center for Computational and Integrative Biology — Massachusetts General Hospital, Center for Cancer Research et Department of Biological Engineering — Massachusetts Institute of Technology, avec 5 autres affiliations.
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