BioDynaMo: a general platform for scalable agent-based simulation
Rattachement africain : ch, nl, cy, gb, cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Motivation Agent-based modeling is an indispensable tool for studying complex biological systems. However, existing simulators do not always take full advantage of modern hardware and often have a field-specific software design. Results We present a novel simulation platform called BioDynaMo that alleviates both of these problems. BioDynaMo features a general-purpose and high-performance simulation engine. We demonstrate that BioDynaMo can be used to simulate use cases in: neuroscience, oncology, and epidemiology. For each use case we validate our findings with experimental data or an analytical solution. Our performance results show that BioDynaMo performs up to three orders of magnitude faster than the state-of-the-art baseline. This improvement makes it feasible to simulate each use case with one billion agents on a single server, showcasing the potential BioDynaMo has for computational biology research. Availability BioDynaMo is an open-source project under the Apache 2.0 license and is available at www.biodynamo.org . Instructions to reproduce the results are available in supplementary information. Contact lukas.breitwieser@inf.ethz.ch , a.s.hesam@tudelft.nl , omutlu@ethz.ch , r.bauer@surrey.ac.uk Supplementary information Available at https://doi.org/10.5281/zenodo.4501515 .
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- BioDynaMo: a general platform for scalable agent-based simulation
- Date Crossref
- 08/06/2020
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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ETH Zurich pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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European Organization for Nuclear Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Delft University of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Cyprus Department of Mechanical & Manufacturing Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University College London Department of Medical Physics & Biomedical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Newcastle University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Nottingham pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shanghai Jiao Tong University Department of Functional Neurosurgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ruijin Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Surrey Department of Computer Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CERN openlab pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Swiss Federal Institute of Technology in Zurich ETH Zurich pays non établi dans la noticeStructure de recherche
ETH Zurich, European Organization for Nuclear Research et Delft University of Technology, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.