PURE mRNA display and cDNA display provide rapid detection of core epitope motif via high‐throughput sequencing
Rattachement africain : jp, gb, fr, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract The reconstructed in vitro translation system known as the PURE system has been used in a variety of cell‐free experiments such as the expression of native and de novo proteins as well as various display methods to select for functional polypeptides. We developed a refined PURE‐based display method for the preparation of stable messenger RNA (mRNA) and complementary DNA (cDNA)‐peptide conjugates and validated its utility for in vitro selection. Our conjugate formation efficiency exceeded 40%, followed by gel purification to allow minimum carry‐over of components from the translation system to the downstream assay enabling clean and efficient random peptide sequence screening. We chose the commercially available anti‐FLAG M2 antibody as a target molecule for validation. Starting from approximately 1.7 × 1012 random sequences, a round‐by‐round high‐throughput sequencing showed clear enrichment of the FLAG epitope DYKDDD as well as revealing consensus FLAG epitope motif DYK(D/L/N)(L/Y/D/N/F)D. Enrichment of core FLAG motifs lacking one of the four key residues (DYKxxD) indicates that Tyr (Y) and Lys (K) appear as the two key residues essential for binding. Furthermore, the comparison between mRNA display and cDNA display method resulted in overall similar performance with slightly higher enrichment for mRNA display. We also show that gel purification steps in the refined PURE‐based display method improve conjugate formation efficiency and enhance the enrichment rate of FLAG epitope motifs in later rounds of selection especially for mRNA display. Overall, the generalized procedure and consistent performance of two different display methods achieved by the commercially available PURE system will be useful for future studies to explore the sequence and functional space of diverse polypeptides.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- PURE mRNA display and cDNA display provide rapid detection of core epitope motif via high‐throughput sequencing
- Date Crossref
- 04/02/2021
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Tokyo Institute of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology Extra-cutting-edge Science and Technology Avant-garde Research Program pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Life Science Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Glasgow pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Japan Science and Technology Agency pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Paris-Saclay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Structure et activité des biomolécules normales et pathologiques pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université d'Évry Val-d'Essonne pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Tokyo Komaba Institute for Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Ames Research Center Center for the Emergence of Life pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Keio University Shonan Fujisawa pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Tokyo Institute of Technology, Extra-cutting-edge Science and Technology Avant-garde Research Program — Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology et Life Science Institute, avec 9 autres affiliations.
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