FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs
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Le résumé fourni par la source
The Functional ANnoTation Of the Mammalian genome (FANTOM) Consortium has continued to provide extensive resources in the pursuit of understanding the transcriptome, and transcriptional regulation, of mammalian genomes for the last 20 years. To share these resources with the research community, the FANTOM web-interfaces and databases are being regularly updated, enhanced and expanded with new data types. In recent years, the FANTOM Consortium's efforts have been mainly focused on creating new non-coding RNA datasets and resources. The existing FANTOM5 human and mouse miRNA atlas was supplemented with rat, dog, and chicken datasets. The sixth (latest) edition of the FANTOM project was launched to assess the function of human long non-coding RNAs (lncRNAs). From its creation until 2020, FANTOM6 has contributed to the research community a large dataset generated from the knock-down of 285 lncRNAs in human dermal fibroblasts; this is followed with extensive expression profiling and cellular phenotyping. Other updates to the FANTOM resource includes the reprocessing of the miRNA and promoter atlases of human, mouse and chicken with the latest reference genome assemblies. To facilitate the use and accessibility of all above resources we further enhanced FANTOM data viewers and web interfaces. The updated FANTOM web resource is publicly available at https://fantom.gsc.riken.jp/.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs
- Date Crossref
- 19/11/2020
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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RIKEN Center for Integrative Medical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Yokohama City University Medical Center Advanced Medical Research Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Yokohama City University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Research Organization of Information and Systems pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Hiroshima University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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RIKEN pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Karolinska Institutet pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Protein Research Foundation pays non établi dans la noticeInstitution
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The University of Osaka pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Database Center for Life Science pays non établi dans la noticeInstitution
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Graduate School of Integrated Sciences for Life Program of Biomedical Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Advanced Medical Research Center — Yokohama City University Medical Center et Yokohama City University, avec 9 autres affiliations.
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