Worldwide tracing of mutations and the evolutionary dynamics of SARS-CoV-2
Rattachement africain : cn, ca. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Understanding the mutational and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2 is essential for treating COVID-19 and the development of a vaccine. Here, we analyzed publicly available 15,818 assembled SARS-CoV-2 genome sequences, along with 2,350 raw sequence datasets sampled worldwide. We investigated the distribution of inter-host single nucleotide polymorphisms (inter-host SNPs) and intra-host single nucleotide variations (iSNVs). Mutations have been observed at 35.6% (10,649/29,903) of the bases in the genome. The substitution rate in some protein coding regions is higher than the average in SARS-CoV-2 viruses, and the high substitution rate in some regions might be driven to escape immune recognition by diversifying selection. Both recurrent mutations and human-to-human transmission are mechanisms that generate fitness advantageous mutations. Furthermore, the frequency of three mutations (S protein, F400L; ORF3a protein, T164I; and ORF1a protein, Q6383H) has gradual increased over time on lineages, which provides new clues for the early detection of fitness advantageous mutations. Our study provides theoretical support for vaccine development and the optimization of treatment for COVID-19. We call researchers to submit raw sequence data to public databases.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Worldwide tracing of mutations and the evolutionary dynamics of SARS-CoV-2
- Date Crossref
- 10/08/2020
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Kunming Institute of Zoology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Chinese Academy of Sciences Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Xi'an University of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Toronto Department of Laboratory Medicine and Pathobiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shaanxi University of Science and Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shanghai Institute of Nutrition and Health pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Peking University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Beijing Institute of Genomics National Genomics Data Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Wuhan Institute of Virology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Kunming College of Life Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Kunming Institute of Zoology, Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics — Chinese Academy of Sciences et University of Chinese Academy of Sciences, avec 9 autres affiliations.
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