Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping
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Le résumé fourni par la source
Long noncoding RNAs (lncRNAs) constitute the majority of transcripts in the mammalian genomes, and yet, their functions remain largely unknown. As part of the FANTOM6 project, we systematically knocked down the expression of 285 lncRNAs in human dermal fibroblasts and quantified cellular growth, morphological changes, and transcriptomic responses using Capped Analysis of Gene Expression (CAGE). Antisense oligonucleotides targeting the same lncRNAs exhibited global concordance, and the molecular phenotype, measured by CAGE, recapitulated the observed cellular phenotypes while providing additional insights on the affected genes and pathways. Here, we disseminate the largest-to-date lncRNA knockdown data set with molecular phenotyping (over 1000 CAGE deep-sequencing libraries) for further exploration and highlight functional roles for ZNF213-AS1 and lnc-KHDC3L-2 .
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping
- Date Crossref
- 01/07/2020
- Éditeur
- Cold Spring Harbor Laboratory
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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RIKEN Center for Integrative Medical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Consorzio Interuniversitario per le Biotecnologie pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Engelhardt Institute of Molecular Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Protein Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Toronto Department of Computer Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National University of Singapore Program in Cardiovascular and Metabolic Disorders pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Duke-NUS Medical School pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Roslin Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Edinburgh Roslin Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Aalborg University Department of Clinical Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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NIHR Imperial Biomedical Research Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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MRC London Institute of Medical Sciences Computational Regulatory Genomics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, Consorzio Interuniversitario per le Biotecnologie et Engelhardt Institute of Molecular Biology, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Afrique du Sud.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.