Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
Rattachement africain : fr, jp, ca. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Using the Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) technology, the FANTOM5 consortium provided one of the most comprehensive maps of Transcription Start Sites (TSSs) in several species. Strikingly, ~ 72% of them could not be assigned to a specific gene and initiate at unconventional regions, outside promoters or enhancers. Here, we probed these unassigned TSSs and showed that, in all species studied, a significant fraction of CAGE peaks initiate at microsatellites, also called short tandem repeats (STRs). To confirm this transcription, we developed Cap Trap RNA-seq, a technology which combines cap trapping and long reads MinION sequencing. We trained sequence-based deep learning models able to predict CAGE signal at STRs with high accuracy. These models unveiled the importance of STR surrounding sequences not only to distinguish STR classes, as defined by the repeated DNA motif, one from each other, but also to predict their transcription. Excitingly, our models predicted that genetic variants linked to human diseases affect STR-associated transcription and correspond precisely to the key positions identified by our models to predict transcription. Together, our results extend the repertoire of non-coding transcription associated with DNA tandem repeats and complexify STR polymorphism.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network
- Date Crossref
- 10/07/2020
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Université de Montpellier pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Sanofi (France) pays non établi dans la noticeEntreprise
-
Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Laboratoire d'Informatique pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
RIKEN pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Waseda University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Artificial Intelligence Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
The University of Tokyo pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of British Columbia Centre for Molecular Medicine and Therapeutics at the Child and Family Research Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Centre National de la Recherche Scientifique, Université de Montpellier et Sanofi (France), avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.