A novel nonsense variant in SUPT20H gene associated with Rheumatoid Arthritis identified by Whole Exome Sequencing of multiplex families
Rattachement africain : fr, ca. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The triggering and development of Rheumatoid Arthritis (RA) is conditioned by environmental and genetic factors. Despite the identification of more than one hundred genetic variants associated with the disease, not all the cases can be explained. Here, we performed Whole Exome Sequencing in 9 multiplex families (N = 30) to identify rare variants susceptible to play a role in the disease pathogenesis. We pre-selected 77 genes which carried rare variants with a complete segregation with RA in the studied families. Follow-up linkage and association analyses with pVAAST highlighted significant RA association of 43 genes (p-value < 0.05 after 106 permutations) and pinpointed their most likely causal variant. We re-sequenced the 10 most significant likely causal variants (p-value ≤ 3.78*10-3 after 106 permutations) in the extended pedigrees and 9 additional multiplex families (N = 110). Only one SNV in SUPT20H: c.73A>T (p.Lys25*), presented a complete segregation with RA in an extended pedigree with early-onset cases. In summary, we identified in this study a new variant associated with RA in SUPT20H gene. This gene belongs to several biological pathways like macro-autophagy and monocyte/macrophage differentiation, which contribute to RA pathogenesis. In addition, these results showed that analyzing rare variants using a family-based approach is a strategy that allows to identify RA risk loci, even with a small dataset.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A novel nonsense variant in SUPT20H gene associated with Rheumatoid Arthritis identified by Whole Exome Sequencing of multiplex families
- Date Crossref
- 07/03/2019
- Éditeur
- Public Library of Science (PLoS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
Université Paris-Saclay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Université d'Évry Val-d'Essonne pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Université Laval Department of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Centre National de Recherche en Génomique Humaine pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Direction de la Recherche Fondamentale pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
Université Clermont Auvergne pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of Clermont Auvergne pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
-
GenHotel-Univ Evry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
GenHotel—Univ Evry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
GenHotel-Auvergne-Auvergne University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Université Paris-Saclay, Université d'Évry Val-d'Essonne et Department of Medicine — Université Laval, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.