Machine Learning for Better Prognostic Stratification and Driver Gene Identification Using Somatic Copy Number Variations in Anaplastic Oligodendroglioma
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Le résumé fourni par la source
Abstract Background 1p/19q-codeleted anaplastic gliomas have variable clinical behavior. We have recently shown that the common 9p21.3 allelic loss is an independent prognostic factor in this tumor type. The aim of this study is to identify less frequent genomic copy number variations (CNVs) with clinical importance that may shed light on molecular oncogenesis of this tumor type. Materials and Methods A cohort of 197 patients with anaplastic oligodendroglioma was collected as part of the French POLA network. Clinical, pathological, and molecular information was recorded. CNV analysis was performed using single-nucleotide polymorphism arrays. Computational biology and feature selection based on the random forests method were used to identify CNV events associated with overall survival and other clinical-pathological variables. Results Recurrent chromosomal events were identified in chromosomes 4, 9, and 11. Forty-six focal amplification events and 22 focal deletion events were identified. Twenty-four focal CNV areas were associated with survival, and five of them were significantly associated with survival after multivariable analysis. Nine out of 24 CNV events were validated using an external cohort of The Cancer Genome Atlas. Five of the validated events contain a cancer-related gene or microRNA: CDKN2A deletion, SS18L1 amplification, RHOA/MIR191 copy-neutral loss of heterozygosity, FGFR3 amplification, and ARNT amplification. The CNV profile contributes to better survival prediction compared with clinical-based risk assessment. Conclusion Several recurrent CNV events, detected in anaplastic oligodendroglioma, enable better survival prediction. More importantly, they help in identifying potential genes for understanding oncogenesis and for personalized therapy. Implications for Practice Genomic analysis of 197 anaplastic oligodendroglioma tumors reveals recurrent somatic copy number variation areas that may help in understanding oncogenesis and target identification for precision medicine. A machine learning multivariable model built using this genomic information enables better survival prediction.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Machine Learning for Better Prognostic Stratification and Driver Gene Identification Using Somatic Copy Number Variations in Anaplastic Oligodendroglioma
- Date Crossref
- 17/07/2018
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Hadassah Medical Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Institut du Cerveau pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Lyon 1 Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Hospices Civils de Lyon pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Assistance Publique – Hôpitaux de Paris pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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La Ligue Contre le Cancer pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Hôpital Charles-Foix pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Aix-Marseille Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut de Neurophysiopathologie pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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