Dimerization confers increased stability to nucleases in 5′ halves from glycine and glutamic acid tRNAs
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Le résumé fourni par la source
We have previously shown that 5' halves from tRNAGlyGCC and tRNAGluCUC are the most enriched small RNAs in the extracellular space of human cell lines, and especially in the non-vesicular fraction. Extracellular RNAs are believed to require protection by either encapsulation in vesicles or ribonucleoprotein complex formation. However, deproteinization of non-vesicular tRNA halves does not affect their retention in size-exclusion chromatography. Thus, we considered alternative explanations for their extracellular stability. In-silico analysis of the sequence of these tRNA-derived fragments showed that tRNAGly 5' halves can form homodimers or heterodimers with tRNAGlu 5' halves. This capacity is virtually unique to glycine tRNAs. By analyzing synthetic oligonucleotides by size exclusion chromatography, we provide evidence that dimerization is possible in vitro. tRNA halves with single point substitutions preventing dimerization are degraded faster both in controlled nuclease digestion assays and after transfection in cells, showing that dimerization can stabilize tRNA halves against the action of cellular nucleases. Finally, we give evidence supporting dimerization of endogenous tRNAGlyGCC 5' halves inside cells. Considering recent reports have shown that 5' tRNA halves from Ala and Cys can form tetramers, our results highlight RNA intermolecular structures as a new layer of complexity in the biology of tRNA-derived fragments.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Dimerization confers increased stability to nucleases in 5′ halves from glycine and glutamic acid tRNAs
- Date Crossref
- 11/06/2018
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Universidad de la República de Uruguay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Pasteur de Montevideo Functional Genomics Unit pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Architecture et Réactivité de l'arN pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Strasbourg Architecture et Réactivité de l’ARN pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Faculty of Science Nuclear Research Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Faculty of Medicine Department of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Universidad de la República de Uruguay, Functional Genomics Unit — Institut Pasteur de Montevideo et Centre National de la Recherche Scientifique, avec 5 autres affiliations.
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