Single-molecule sequencing and optical mapping yields an improved genome of woodland strawberry ( Fragaria vesca ) with chromosome-scale contiguity
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Le résumé fourni par la source
Background: Although draft genomes are available for most agronomically important plant species, the majority are incomplete, highly fragmented, and often riddled with assembly and scaffolding errors. These assembly issues hinder advances in tool development for functional genomics and systems biology. Findings: Here we utilized a robust, cost-effective approach to produce high-quality reference genomes. We report a near-complete genome of diploid woodland strawberry (Fragaria vesca) using single-molecule real-time sequencing from Pacific Biosciences (PacBio). This assembly has a contig N50 length of ∼7.9 million base pairs (Mb), representing a ∼300-fold improvement of the previous version. The vast majority (>99.8%) of the assembly was anchored to 7 pseudomolecules using 2 sets of optical maps from Bionano Genomics. We obtained ∼24.96 Mb of sequence not present in the previous version of the F. vesca genome and produced an improved annotation that includes 1496 new genes. Comparative syntenic analyses uncovered numerous, large-scale scaffolding errors present in each chromosome in the previously published version of the F. vesca genome. Conclusions: Our results highlight the need to improve existing short-read based reference genomes. Furthermore, we demonstrate how genome quality impacts commonly used analyses for addressing both fundamental and applied biological questions.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Single-molecule sequencing and optical mapping yields an improved genome of woodland strawberry ( <i>Fragaria vesca</i> ) with chromosome-scale contiguity
- Date Crossref
- 13/12/2017
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Michigan State University Department of Horticulture pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California Department of Plant Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Georgia Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Donald Danforth Plant Science Center pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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BioNano Genomics (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Inner Mongolia University Potato Engineering and Technology Research Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Nebraska–Lincoln Center for Plant Science Innovation pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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U.S. Vegetable Laboratory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Helsinki Department of Agricultural Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Genetic Improvement of Fruits and Vegetables Laboratory USDA/ARS pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Department of Horticulture — Michigan State University, Department of Plant Sciences — University of California et Department of Genetics — University of Georgia, avec 7 autres affiliations.
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