A Streamlined Approach to Antibody Novel Germline Allele Prediction and Validation
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Advancements in high-throughput sequencing and molecular identifier-based error correction have opened the door to antibody repertoire sequencing with single mutation precision, increasing both the breadth and depth of immune response characterization. However, improvements in sequencing technology cannot resolve one key aspect of antibody repertoire sequencing accuracy: the possibility of undocumented novel germline alleles. Somatic hypermutation (SHM) calling requires a reference germline sequence, and the antibody variable region gene alleles collected by the IMGT database, although large in number, are not comprehensive. Mismatches, resulted from single nucleotide polymorphisms or other genetic variation, between the true germline sequence and the closest IMGT allele can inflate SHM counts, leading to inaccurate antibody repertoire analysis. Here, we developed a streamlined approach to novel allele prediction and validation using bulk PBMC antibody repertoire sequencing data and targeted genomic DNA amplification and sequencing using PBMCs from only 4 ml of blood to quickly and effectively improve the fidelity of antibody repertoire analysis. This approach establishes a framework for comprehensively annotating novel alleles using a small amount of blood sample, which is extremely useful in studying young children's immune systems.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A Streamlined Approach to Antibody Novel Germline Allele Prediction and Validation
- Date Crossref
- 04/09/2017
- Éditeur
- Frontiers Media SA
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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The University of Texas at Austin pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Institutes of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
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National Institute of Allergy and Infectious Diseases pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Cockrell School of Engineering McKetta Department of Chemical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Laboratory of Immunogenetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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College of Natural Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
The University of Texas at Austin, National Institutes of Health et National Institute of Allergy and Infectious Diseases, avec 3 autres affiliations.
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