MiSTIC, an integrated platform for the analysis of heterogeneity in large tumour transcriptome datasets
Rattachement africain : ca, au. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Genome-wide transcriptome profiling has enabled non-supervised classification of tumours, revealing different sub-groups characterized by specific gene expression features. However, the biological significance of these subtypes remains for the most part unclear. We describe herein an interactive platform, Minimum Spanning Trees Inferred Clustering (MiSTIC), that integrates the direct visualization and comparison of the gene correlation structure between datasets, the analysis of the molecular causes underlying co-variations in gene expression in cancer samples, and the clinical annotation of tumour sets defined by the combined expression of selected biomarkers. We have used MiSTIC to highlight the roles of specific transcription factors in breast cancer subtype specification, to compare the aspects of tumour heterogeneity targeted by different prognostic signatures, and to highlight biomarker interactions in AML. A version of MiSTIC preloaded with datasets described herein can be accessed through a public web server (http://mistic.iric.ca); in addition, the MiSTIC software package can be obtained (github.com/iric-soft/MiSTIC) for local use with personalized datasets.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- MiSTIC, an integrated platform for the analysis of heterogeneity in large tumour transcriptome datasets
- Date Crossref
- 04/05/2017
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Institute for Research in Immunology and Cancer pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montréal Computer science and operation research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Melbourne Department of Medical Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research Division of Molecular Medicine pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Hôpital Maisonneuve-Rosemont pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Centre Hospitalier de l’Université de Montréal pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Faculty of Medicine Department of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Maisonneuve-Rosemont Hospital Division of Hematology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
Institute for Research in Immunology and Cancer, Computer science and operation research — Université de Montréal et Department of Medical Biology — The University of Melbourne, avec 5 autres affiliations.
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