The Physical and Genetic Framework of the Maize B73 Genome
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Le résumé fourni par la source
Maize is a major cereal crop and an important model system for basic biological research. Knowledge gained from maize research can also be used to genetically improve its grass relatives such as sorghum, wheat, and rice. The primary objective of the Maize Genome Sequencing Consortium (MGSC) was to generate a reference genome sequence that was integrated with both the physical and genetic maps. Using a previously published integrated genetic and physical map, combined with in-coming maize genomic sequence, new sequence-based genetic markers, and an optical map, we dynamically picked a minimum tiling path (MTP) of 16,910 bacterial artificial chromosome (BAC) and fosmid clones that were used by the MGSC to sequence the maize genome. The final MTP resulted in a significantly improved physical map that reduced the number of contigs from 721 to 435, incorporated a total of 8,315 mapped markers, and ordered and oriented the majority of FPC contigs. The new integrated physical and genetic map covered 2,120 Mb (93%) of the 2,300-Mb genome, of which 405 contigs were anchored to the genetic map, totaling 2,103.4 Mb (99.2% of the 2,120 Mb physical map). More importantly, 336 contigs, comprising 94.0% of the physical map ( approximately 1,993 Mb), were ordered and oriented. Finally we used all available physical, sequence, genetic, and optical data to generate a golden path (AGP) of chromosome-based pseudomolecules, herein referred to as the B73 Reference Genome Sequence version 1 (B73 RefGen_v1).
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The Physical and Genetic Framework of the Maize B73 Genome
- Date Crossref
- 20/11/2009
- Éditeur
- Public Library of Science (PLoS)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Arizona Arizona Genomics Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Wisconsin–Madison pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Plant (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Missouri Plant Genetics Research Unit pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cold Spring Harbor Laboratory pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Washington University in St. Louis pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Iowa State University Center for Plant Genomics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Wisconsin-Madison Laboratory for Molecular and Computational Genomics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The Genome Center at Washington University School of Medicine Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Arizona Genomics Institute — University of Arizona, University of Wisconsin–Madison et Plant (United States), avec 6 autres affiliations.
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