Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae
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Le résumé fourni par la source
Our knowledge of yeast genomes remains largely dominated by the extensive studies on Saccharomyces cerevisiae and the consequences of its ancestral duplication, leaving the evolution of the entire class of hemiascomycetes only partly explored. We concentrate here on five species of Saccharomycetaceae, a large subdivision of hemiascomycetes, that we call "protoploid" because they diverged from the S. cerevisiae lineage prior to its genome duplication. We determined the complete genome sequences of three of these species: Kluyveromyces (Lachancea) thermotolerans and Saccharomyces (Lachancea) kluyveri (two members of the newly described Lachancea clade), and Zygosaccharomyces rouxii. We included in our comparisons the previously available sequences of Kluyveromyces lactis and Ashbya (Eremothecium) gossypii. Despite their broad evolutionary range and significant individual variations in each lineage, the five protoploid Saccharomycetaceae share a core repertoire of approximately 3300 protein families and a high degree of conserved synteny. Synteny blocks were used to define gene orthology and to infer ancestors. Far from representing minimal genomes without redundancy, the five protoploid yeasts contain numerous copies of paralogous genes, either dispersed or in tandem arrays, that, altogether, constitute a third of each genome. Ancient, conserved paralogs as well as novel, lineage-specific paralogs were identified.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Comparative genomics of protoploid <i>Saccharomycetaceae</i>
- Date Crossref
- 12/06/2009
- Éditeur
- Cold Spring Harbor Laboratory
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Génétique Moléculaire Génomique Microbiologie pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Strasbourg pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Pasteur pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Sorbonne Université pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Genomes & Genetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université Pierre-et-Marie-Curie pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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AgroParisTech pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Washington University in St. Louis pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut de Microbiologie de la Méditerranée pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratoire de Chimie Bactérienne pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Centre National de la Recherche Scientifique, Génétique Moléculaire Génomique Microbiologie et Université de Strasbourg, avec 9 autres affiliations.
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