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Demystifying Pancreatic Cancer Therapies TeamLab

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Single-cell and spatial transcriptomicsPancreatic and Hepatic Oncology ResearchCancer Cells and MetastasisGene expression and cancer classificationCell Image Analysis Techniques

Les publications récentes

Accès ouvert 2026 preprint OpenAlex

STAPLE: automating spatial transcriptomics analysis and AI interpretation

Dmitrijs Lvovs, Jeffrey Quinn, André Forjaz, Ivette Santana-Cruz et autres

Spatial transcriptomics workflows often span separate tools for cell typing, neighborhoods, and cell-cell communication, yielding fragmented outputs that hinder scalability, interpretation, and reproducibility. STAPLE systematizes analyses across distinct methods into a modular framework, unifying data structures and cross-tool interoperability. End-to-end analyses are …

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1 citation bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)
Accès ouvert 2026 preprint OpenAlex

Deep Learning Enabled 3D Multi-Omic Analysis Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Response to Chemotherapy in Pancreatic Cancer

André Forjaz, Hengameh Mojdeganlou, Alens Valentin, Meredith Wetzel et autres

Abstract Resistance to systemic therapy is a major unmet challenge in pancreatic cancer. To identify potential mechanisms of resistance, we developed a novel 3D pipeline in clinical samples that uses deep learning to classify sensitive and persistent tumor cell populations based on …

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